ธรรมชาติญี่ปุ่น — ป่าโบราณ เทือกเขา และมรดกโลก

เกาะป่าฝนทางใต้สุดที่ขึ้นทะเบียนมรดกโลกทางธรรมชาติแห่งแรกๆ ของญี่ปุ่น (ปี 1993) จุดในตำนานคือต้นซีดาร์ยักษ์ "โจมงสุกิ" ที่ว่ากันว่าอายุ 2,000–7,200 ปี ส่วนเส้นทาง Shiratani Unsuikyo คือป่ามอสเขียวชอุ่มที่เป็นแรงบันดาลใจให้ฉากป่าในเรื่อง Princess Mononoke เดินแล้วเหมือนหลุดเข้าอีกโลก

หุบเขากลางเทือกเขาแอลป์ญี่ปุ่นที่สวยจนได้ฉายา "อัญมณีแห่งเทือกเขา" จุดถ่ายรูปไอคอนคือสะพานคัปปะบาชิข้ามแม่น้ำอาซึสะสีเขียวใส มองขึ้นไปเห็นยอดเขาโฮตากะปกคลุมหิมะ เป็นเขตปลอดรถยนต์ส่วนตัว ทางเดินเลียบน้ำราบเรียบ เดินเล่นสบายๆ ครึ่งวันก็เก็บวิวสวยได้เต็มที่

คาบสมุทรปลายสุดทางตะวันออกเฉียงเหนือของฮอกไกโด ขึ้นทะเบียนมรดกโลกปี 2005 เพราะเป็นจุดที่ระบบนิเวศทะเลกับป่าบกเชื่อมกันสมบูรณ์ที่สุดแห่งหนึ่ง มีหมีสีน้ำตาลชุกที่สุดในญี่ปุ่น อินทรีทะเลสเตลเลอร์ และวาฬเพชฌฆาต ไฮไลต์คือทางเดินไม้รอบ "ทะเลสาบทั้งห้าชิเรโทโกะ" และหน้าหนาวมีน้ำแข็งลอยจากทะเลโอค็อตสค์

อุทยานแห่งชาติทุ่งน้ำบนที่ราบสูง อยู่เหนือโตเกียวขึ้นมาราว 150 กิโลเมตร คร่อม 4 จังหวัด ไฮไลต์คือทุ่งโอเซกาฮาระและบึงโอเซนุมะที่มีทางเดินไม้ยกพื้นทอดผ่าน เดินสบายแทบไม่มีทางชัน ปลายพฤษภาคม–ต้นมิถุนายนดอกว่านน้ำขาว (mizubasho) บานเต็มทุ่ง พอตุลาคมหญ้าเปลี่ยนเป็นสีทองแดงสวยอีกแบบ

เครือข่ายเส้นทางแสวงบุญโบราณบนคาบสมุทรคิอิ ที่ผู้คนใช้เดินไปไหว้ศาลเจ้าคุมาโนะซันซังมากว่า 1,000 ปี ขึ้นทะเบียนมรดกโลกทางวัฒนธรรมปี 2004 เดินผ่านป่าซีดาร์เก่าแก่บนทางหินตะไคร่จับ ปลายทางคือศาลเจ้าคุมาโนะนาจิไทฉะที่ยืนคู่กับน้ำตกนาจิและเจดีย์สามชั้น เป็นภาพที่ขึ้นปกหนังสือเที่ยวญี่ปุ่นบ่อยที่สุดภาพหนึ่ง

เกาะป่าดิบกึ่งเขตร้อนในกลุ่มเกาะยาเอยามะของโอกินาวา ขึ้นทะเบียนมรดกโลกทางธรรมชาติปี 2021 (มรดกโลกธรรมชาติแห่งที่ 5 ของญี่ปุ่น) ป่าดิบและป่าโกงกางปกคลุมเกือบ 90% ของเกาะ เป็นบ้านของแมวป่าอิริโอโมเตะเฉพาะถิ่นที่เหลือราว 100 ตัว กิจกรรมที่ทุกคนมาทำคือพายคายัคลัดป่าโกงกาง เดินป่าขึ้นน้ำตก และดำน้ำดูปะการังในทะเลใส